قرايوسف به ثبوت برساند . با وجود اين از آنجا كه اسكندر بن قرايوسف درصدد برآمد تا قدرت قراقويونلوها را بار ديگر در سالهاى آتى برقرار سازد ، لذا لشكركشى به آذربايجان در سال 832 / 1429 بار ديگر الزامى شد . شاهرخ دگرباره بر تركمانان فائق آمد . امّا تلاش او براى حل اين معضل با انتصاب يكى از شاهزادگان قراقويونلو به نام ابو سعيد تحت حمايت و سلطه تيموريان ، با ناكامى قرين شد ؛ چون اسكندر در سال 835 / 1431 بار ديگر تبريز را اشغال كرد و ابو سعيد را به قتل رسانيد . شاهرخ كه با گسترش سلطه قرااسكندر بر ناحيه وسيعى از آن ديار مواجه شده بود ، در اوايل سال 838 / نزديك به پايان سال 1434 ، سومين و آخرين لشكركشى خود را در شمال غرب ايران انجام داد . اين لشكركشى با اينكه معضل تركمانان را فرو ننشاند ولى دستكم كسى را وارد ميدان ساخت كه براى سالهاى آتى سلطنت او كافى بود : يعنى انتصاب جهانشاه برادر قرااسكندر در مقام حاكم تيموريان در تبريز . نكته شايان توجه اينكه شاهرخ دستكم در اوايل سلطنت خود ، بارها شاهزادگانى را كه در امپراتورى او حاكم ايالات بودند ، جابه‌جا كرد . در ميان آنانى كه جابه‌جا شدند نه فقط از خليل سلطان ( از سمرقند به رى ) بلكه از عمر ميرزا ( از آذربايجان به استرآباد ) ، اسكندر ميرزا ( از فرغانه و كاشغر به همدان و بعدها به شيراز ) و بايقرا ميرزا نيز ( از شيراز به قندهار و گرمسير ) مىتوان نام برد . دور از ذهن نيست كه انگيزه اين نوع موازين كه مستقيما با اعمال سرپيچى افراد مذكور ارتباط داشت ، در اين بوده باشد كه با اين كار از امكان تمايل به استقلال‌طلبى آنان جلوگيرى به عمل آورد . البته شاهرخ با همه احتياطكاريهاى خود نتوانست از شورشهاى خطرناك شاهزادگان تيمورى جلوگيرى كند . و با اينكه او در سركوبى آنان در بخش شرقى امپراتورى خود مشكلى نداشت ، ولى اوضاع در متصرفات غربى متفاوت بود . او بارها با تمام توان نظامى خويش عليه وابستگان متمردش وارد عمل شد ؛ چنان‌كه اين كار را در سال 816 / 1413 عليه برادرزادهء خود اسكندر بن عمر شيخ كه يك‌بار پيشتر در سال 812 / 1409 برادر خويش پيرمحمد را به حمله عليه كرمان تشويق كرده بود انجام داد . و پس از قتل او ، خود وى اصفهان و كرمان را مورد هجوم قرار داد و به طور منظم خرابيهاى زيادى به بار آورد . پيشتر از لشكركشى شاهرخ عليه بايقرا بن عمر شيخ مطالبى گفته شد ؛ چيزى نگذشت كه بايقرا در شيراز طغيان كرد . شاهرخ اندكى پيش از فوتش كه حتى سالخورده و مريض بود ، بار ديگر سپاه خود را به سمت غرب حركت داد ؛ چون يكى از نوادگان او به نام سلطان محمد بن بايسنقر شورش كرده بود . او در رمضان سال 850 / دسامبر 1446 حاميان سلطان محمد را در ساوه به سياست رسانيد ، امّا خود سلطان محمد از چنگ او گريخت و به لرستان رفت . شاهرخ سه ماه بعد در 25 ذو الحجه 850 / 13 مارس 1447 در زمستانگاه خود در شهر رى درگذشت .